En primer lugar, necesitas obtener un certificado para tu servidor Ubuntu.
Utilizo Apache como servidor web.
Vamos a utilizar el proveedor de certificados gratuito letsencrypt.
Te recomiendo que instales los paquetes desde el PPA porque están más actualizados.
Vaya a este enlace:
https://launchpad.net/~certbot/+archive/ubuntu/certbot
Y sigue las instrucciones.
Esto es lo que debes hacer:
add-apt-repository ppa:certbot/certbot apt-get update apt-get install python-certbot-apache
A continuación, instale el certificado para su dominio
certbot --apache -d dominio.es,www.domain.com
Para listar todos los certificados que tiene en su servidor utilice este comando
certificados certbot
Los archivos deben estar ubicados en esta carpeta
/etc/letsencrypt/live
Si necesita actualizar el ppa de certbot, utilice este comando
apt-get install --only-upgrade certbot